Berdasarkan visi, misi dan tujuan satuan pendidikan, program unggulan SMA Assa`adah adalah 1) Program pendidikan karakter; 2) Program setiap hari bersama Al Qur`an (Tahfidz dan terjemah Al Qur`an); 3) Program habituasi ibadah; 4) Program kita berbahasa; 5) Program sekolah para jawara; 6) Program pendidikan kebangsaan; 7) Program hijauku; 8) Program super skills.
- Program Pendidikan Karakter. Sekolah Menengah Atas Assa`adah menumbuhkembangkan 9 karakter dalam diri peserta didik, yaitu 1) cinta Allah dan Rasul, 2) cinta orang tua dan guru, 3) cinta almamater, 4) cinta sesama, 5) cinta lingkungan, 6) cinta prestasi, 7) cinta ilmu pengetahuan dan teknologi, 8) cinta diri sendiri, dan 9) cinta bangsa dan Negara. Kegiatan pengembangan pendidikan karakter diselenggarakan dalam bentuk keteladanan, pembiasaan, pemantauan, dan peciptaan lingkungan.
- Program Setiap Hari Bersama Al Qur`an. Pembelajaran Al Qur`an di SMA Assa`adah mempunyai target yaitu peserta didik mampu membaca Al Qur`an secara tartil, memahami ilmu tajwid, hafal juz amma, hafal surat-surat khusus (qs. Yasin, qs. Waqiah, dan qs. al Mulk), memiliki hafalan Al Qur`an minimal 10 juz. Pembiasaan membaca Al Qur`an dilaksanakan setiap hari sebelum masuk jam pelajaran. Pembinaan membaca secara tartil dan ilmu tajwid diprogramkan pada intrakurikuler (mata pelajaran keterampilan Al Qur`an) dan ekstrakurikuler wajib pembinaan membaca Al Qur`an. Sedangkan hafalan Al Qur`an minimal 10 juz diprogramkan pada kelas tahfidz dan ekstrakurikuler pilihan (ekskul tahfidz).
- Program Habituasi Ibadah. Program habituasi ibadah merupakan proses pembiasaan amalan ibadah yang bertujuan untuk menghantarkan peserta didik menuju derajat mulia di sisi Allah SWT. Amalan ibadah yang dilaksanakan adalah hafalan asmaul husna, hafalan doa pembelajaran, hafalan juz amma, hafalan surat-surat khusus, sholat dhuha berjamaah, khotmil qur`an, sholat dhuhur berjamaah, istighotsah, Peringatan Hari Besar Islam (PHBI), akhlakul karimah, pondok romadlon, membaca kitab kuning, albanjari qomarussaadah, dan wisata edukasi islami.
- Program Kita Berbahasa. Program kita berbahasa merupakan program pembelajaran dan pembiasaan yang dikembangkan dengan tujuan membekali peserta didik memiliki keterampilan berbahasa lokal dan asing dalam berkomunikasi sehari-hari. Program Kita Berbahasa peserta didik memperdalam kemampuan Bahasa Inggris melalui laboratorium bahasa yang dilaksanakan setelah KBM selesai. Program pembiasaan kita berbahasa melalui speaking, spoken grammer, dan vocabulary yang berhubungan dengan komunikasi sehari-hari di dalam kelas dan di luar kelas. Program pembiasaan dilaksanakan setiap hari dengan ketentuan hari Sabtu berbahasa Jawa Kromo, hari Ahad berbahasa Indonesia, hari Senin berbahasa Inggris, hari Selasa berbahasa Indonesia, hari Rabu berbahasa Arab, dan hari Kamis berbahasa Indonesia. Sedangkan bahasa Mandari dilaksanakan pada ekstrakurikuler pilihan.
- Program Sekolah Para Jawara. Program sekolah para jawara merupakan program pengembangan potensi minat dan bakat peserta didik melalui pembelajaran ekstrakurikuler dan pembinaan prestasi (BINPRES). Pembinaan prestasi bidang akademik diselenggarakan dalam bentuk pembinaan olimpiade sains, bahasa, dan sosial. Bidang olahraga dilaksanakan pada ekstrakurikuler pilihan, yaitu bola voli, bola basket, dan futsal. Program ini bertujuan untuk mencetak peserta didik meraih juara dalam OSN, O2SN, porkab, olimpiade international, dan pekan seni pelajar.
- Program Super Skills. Program super skills bertujuan untuk mengembangkan kompetensi dan keterampilan peserta didik yang memiliki kemampuan critical thinking, creativity, collaborative, dan communicative. Pendekatan pembelajaran yang digunakan menyenangkan, pendekatan saintifik, project based learning, contekstual learning, dan menggunakan perangkat teknologi informasi. Selain intrakurikuler, smadah juga mengadakan pojok literasi di kelas masing-masing serta program Satu Kelas Satu Buku, Student-Led Conference (SLC), studi kampus, ekspo kampus, studi wisata, broadcasting dan jurnalistik, Karya Ilmiah Remaja, komputer, robotika, desain produk, tataboga-busana, teater, dan paduan suara.
- Program Hijauku. Program ini menekankan pada lingkungan sekolah yang bersih, rapi, sehat, menyenangkan, dan berkarakter. Program tersebut dikembangkan untuk mewujudkan sekolah hijau (green school) yang pada akhirnya menjadi sekolah adiwiyata. Pengembangan program ini dilaksanakan pada ektrakurikuler pilihan yaitu tim hijau, Generasi Muda Pecinta Alam (Gapala), Palang Merah Remaja (PMR), dan pramuka.
- Program Pendidikan Kebangsaan. Program pendidikan kebangsaan yaitu program membangun karakter peserta didik untuk memiliki komitmen kebangsaan yang kuat terhadap budaya bangsa. Program ini dikembangkan melalui kegiatan pondok aswaja, upacara bendera, Peringatan Hari Besar Nasional (PHBN), berbahasa Jawa pada hari Sabtu, mata pelajaran Bahasa Jawa, peduli sosial, Paskibra SMA Assaadah (Passmadah), LDKS, dan kunjungan studi situs sejarah, pramuka, pencak silat, komunitas seni.
